Beberapa Kitab dipelajari Syeikh Siti Jenar sewaktu study di Baghdad, ada beberapa kitab yang menarik perhatiannya seperti : Kitab Haqiqat al-Haqa'iq, Kitab Al-Manazil al-Ilahiyah, dan Kitab al-Insan al-Kamil fi Ma'rifat al-Awakhiri wa al-Awamil, Ketiga kitab ini karya puncak dari Syeikh 'Abdul Karim Al-Jilli.
Seusai menunaikan ibadah haji, Syeikh Siti Jenar bergabung dengan para ulama sufi yang bernama Jama'ah Karamah al-auliya' atau dewan wali internasional. Dalam kesempatan pertemuan tahunan Syeikh Siti Jenar dipilih dan dinobatkan menjadi salah satu anggotanya dengan gugus tugas penyiaran agama Islam di tanah jawa menggantikan Maulana Muhammad Ali Akbar dan Abdurrahman Muttaqi al-Jawy.
Ketika Syeikh Siti Jenar bergabung dengan majelis Walisanga dan diberi tugas mengajarkan Syahadat danTauhid, saat itu mulai muncul adanya perbedaan antara Syeikh Siti Jenar dengan para dewan Walisanga.
Syeikh Siti Jenar berpandangan bahwa materi yang harus diajarkan itu terlalu dangkal, oleh karenanya Syeikh Siti Jenar mengajarkan Sasahidan serta Ilmu Ma'rifat serta hakikat dalam bentuk sufisme wujudiyah.
Kebijakan Syeikh Siti Jenar ini bertentangan dengan pandangan para dewan Walisanga, menurut Dewan walisanga bahwa ilmu kesempurnaan itu tidak harus diajarkan secara umum karena dikhawatirkan adanya salah persepsi. Ilmu Kesempurnaan itu setidaknya dikonsumsi oleh kalangan tertentu sesuai tingkat kemampuan yang dimiliki sang murid.
Pengetahuan Agama Islam Dan Pengalaman Spiritual Pribadi
Syeikh Siti Jenar beranggapan bahwa pengetahuan agama yang dimiliki seseorang tentang kebenaran ketuhanan diperolehnya melalui dalam diri manusia itu sendiri, inilah yang disebut kesadaran subyek terhadap obyek.. Dalam pandangan syeikh Siti Jenar, bahwa Tuhan adalah Dzat yang mendasari dan sebagai sebab adanya manusia, flora, fauna, dan segala yang ada, sekaligus menjiwai segala sesuatu yang berwujud, yang keberadaannya tergantung pada adanya dzat itu.
Tentang Kaitannya dengan konsep Manunggaling Kawula Gusti, sebenarnya konsep ini bukan ajaran yang dibawakan oleh Syeikh Siti Jenar. Manunggaling Kawula Gusti (MKG) bukan suatu ajaran, dan bukan ajaran yang disampaikan Syeikh Siti Jenar.
Manunggalin Kawula Gusti hanya sebatas pengalaman spiritual pribadi dalam konteks religio-spiritual yang bersifat pribadi. Pengalaman Spiritual pribadi yang bersifat tidak terbatas sehingga sulit kiranya (dan tak mungkin) dilukiskan dengan kata-kata yang sanggup dimengeri oleh orang lain. Mereka tidak akan mungkin memahaminya terkecuali mereka harus mengalaminya sendiri.
Kesimpulannya Bahwa Manunggaling Kawula Gusti bukan ilmu, melainkan sebatas pengalaman spiritual pribadi seseorang, yang dengan sendirinya tidak ada masalah boleh atau tidak boleh, tidak ada ketentuan atau aturan tertentu , boleh dipercaya atau boleh juga tidak percaya.
